根据福建省电子数据交换许可证申请指南，EDI许可证的申请流程如下：

　　准备材料：申请单位应准备以下材料：

　　企业法人营业执照复印件;

　　组织机构代码证复印件;

　　电子签名证书(须用申请单位的法人代表或负责人名字申请);

　　交换协议。

　　注册账号：企业在福建省电子口岸网站上注册账号，并登陆到账户中心。

　　进入许可证申请页面：在账户中心主页中，点击"EDI许可证申请"，进入申请页面。

　　填写申请信息：按要求填写申请表，上传上述材料。

　　提交申请：审核材料无误后，提交申请。

　　缴纳费用：申请单位需在规定时间内缴纳申请费用，通过账户中心或网银完成。

　　审核并领取许可证：经过审核，许可证将在规定时间内邮寄或领取。

　　需要注意的是，申请单位应遵守国家有关法律法规和政策，确保交换数据的机密性和完整性。